Univerzita J. E. Purkyně má dnes 8 fakult: fakultu filozofickou, fakultu sociálně ekonomickou, fakultu strojního inženýrství, fakultu umění a designu, fakultu zdravotnických studií, fakultu životního prostředí, pedagogickou fakultu a přírodovědeckou fakultu. Pracuje zde okolo 900 akademických a neakademických pracovníků a studuje asi 8600 studentů.